O Consello do Instituto é o Órgano de Goberno do Instituto Universitario.
O Consello do Instituto estará composto polo Director, que o presidirá, polos investigadores do Instituto, os profesores dos corpos estatais ou asociados asignados a este, os bolseiros de investigación do Instituto e mais o persoal de administración e servizos asignados a este. O secretario do Instituto actuará como secretario do Consello.
O director é o órgano unipersoal de goberno do instituto universitario, que dará conta anualmente da actividade científica e económica deste e será responsable da elaboración dunha memoria. Será elixido de entre os catedráticos ou profesores titulares do instituto polo consello deste e por período de tres anos, con posibilidade de reelección.
O secretario do instituto auxiliará ao director no desempeño do seu cargo e realizará as funcións que lle sexan encomendadas pola lexislación vixente, especialmente a redacción e custodia das actas das reunións do Consello do Instituto e a expedición de certificados dos acordos por dito Consello. Será designado polo director, tras a comunicación ao Consello do Instituto, entre os doutores da Universidade que sexan membros do Instituto Universitario.