Foi necesario, pois, dar un paso adiante continuando as accións do plano anterior e introducindo outros obxectivos novos para dotar ás universidades, ás administracións educativas e á cidadanía de instrumentos e métodos para a avaliación e a acreditación que ofrecesen unha información validada e contrastada para a toma de decisións. A proposta do Ministerio de Educación, Cultura e Deporte, por iniciativa do Consello de Universidades (actualmente Consello de Coordinación Universitaria), e logo da deliberación do Consello de Ministros na súa reunión do 20 de abril de 2001, o Real decreto 408/2001, do 20 de abril, estableceuse o II Plano da Calidade das Universidades (no sucesivo II PCU) cunha duración de seis anos, coa indicación de que correspondía ó Consello de Universidades, a través da Secretaría Xeral, a coordinación e a xestión do plano.
En desenvolvemento do mencionado Real decreto, a Orde ministerial de Educación, Cultura e Deporte, do 3 de agosto de 2001 estableceu as modalidades, condicións e requisitos para a concorrencia, ó longo de todo o período de vixencia do plano, de proxectos institucionais de calidade das universidades. Posteriormente, a Orde ECD/1881/2002, do 5 de xullo, posibilitou, por un lado, a incorporación ó II PCU daquelas universidades que non o fixeron no ano 2001 coas mesmas condicións e requisitos que se estableceron nese ano e, por outro lado, o seguimento dos proxectos que xa foran presentados.
O II PCU estableceu como obxectivos:

• Continuar coa avaliación institucional e fomentar a implantación nas universidades de sistemas de calidade integral para a mellora continua.
• Promover a participación das Comunidades Autónomas no desenvolvemento e xestión do plano propiciando a creación de entidades autonómicas dedicadas a tal fin, co obxecto de crear unha rede de axencias da Calidade Universitaria coordinada polo Consello de Universidades.
• Desenvolver metodoloxías homoxéneas coas existentes na Unión Europea, que permitan establecer estándares contrastados para a acreditación da calidade alcanzada.
• Implantar un sistema de información ás universidades, ás administracións públicas e á sociedade, baseado na avaliación por resultados e apoiado nun catálogo de indicadores, que poida servir de base para a toma de decisións no ámbito das súas respectivas competencias.
• Establecer un sistema de acreditación de programas formativos, graos académicos e institucións que permita garantir a calidade en conformidade con estándares internacionais, abranguendo tamén programas de doutoramento e formación de posgrao. As entidades autonómicas xestoras do Plano e as universidades públicas e privadas que concorreron ó Plano tiveron que presentar ó inicio da súa participación un proxecto plurianual de calidade que tivera por obxectivo asegurar a calidade do ensino, a investigación e a xestión dos servizos universitarios. Este proxecto tivo carácter global, cíclico e permanente e incluíu o seguimento e a revisión dos resultados. Era un proxecto plurianual, que debía considerar a avaliación ó longo de todo o período de vixencia do II PCU e estivo fundamentado na preocupación da mellora da calidade que as institucións tanto políticas como educativas tiñan como consecuencia dos cambios sociais, culturais, económicos e tecnolóxicos.

A UDC para participar neste novo plano presentou un proxecto plurianual, que foi aprobado pola Xunta de Goberno da Universidade (actualmente Consello de Goberno).
 

Superadas as dificultades propias da falta de experiencia nos procesos avaliativos do primeiro Plano de Avaliación (PNECU), podemos dicir que nesta anualidade alcanzouse un resultado positivo para os procesos de autoavaliación e avaliación externa.