Fue necesario, pues, dar un paso adelante continuando las acciones del plan anterior e introduciendo otros objetivos nuevos para dotar a las universidades, a las administraciones educativas y a la ciudadanía de instrumentos y métodos para la evaluación y la acreditación que ofreciesen una información validada y contrastada para la toma de decisiones. La propuesta del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte, por iniciativa del Consejo de Universidades (actualmente Consejo de Coordinación Universitaria), y luego de la deliberación del Consejo de Ministros en su reunión del 20 de abril de 2001, el Real decreto 408/2001, del 20 de abril, se estableció el II Plan de la Calidad de las Universidades (en lo sucesivo II PCU) con una duración de seis años, con la indicación de que correspondía al Consejo de Universidades, a través de la Secretaría General, la coordinación y la gestión del plan.
En desarrollo del mencionado Real decreto, la Orden ministerial de Educación, Cultura y Deporte, del 3 de agosto de 2001 estableció las modalidades, condiciones y requisitos para la concurrencia, a lo largo de todo el período de vigencia del plan, de proyectos institucionales de calidad de las universidades. Posteriormente, la Orden ECD/1881/2002, del 5 de julio, posibilitó, por un lado, la incorporación al II PCU de aquellas universidades que no lo hicieran en el año 2001 con las mismas condiciones y requisitos que se establecieron en ese año y, por otro lado, el seguimiento de los proyectos que ya fueran presentados.
El II PCU estableció como objetivos:

• Continuar con la evaluación institucional y fomentar la implantación en las universidades de sistemas de calidad integral para la mejora continua.
• Promover la participación de las Comunidades Autónomas en el desarrollo y gestión del plan propiciando la creación de entidades autonómicas dedicadas a tal fin, con el objeto de crear una red de agencias de la Calidad Universitaria coordinada por el Consejo de Universidades.
• Desarrollar metodologías homogéneas con las existentes en la Unión Europea, que permitan establecer estándares contrastados para la acreditación de la calidad alcanzada.
• Implantar un sistema de información a las universidades, a las administraciones públicas y a la sociedad, baseado en la evaluación por resultados y apoyado en un catálogo de indicadores, que pueda servir de base para la toma de decisiones en el ámbito de sus respectivas competencias.
• Establecer un sistema de acreditación de programas formativos, grados académicos e instituciones que permita garantizar la calidad en conformidad con estándares internacionales, alcanzando también programas de doctoramiento y formación de posgrado. Las entidades autonómicas gestoras del Plan y las universidades públicas y privadas que concurrieron al Plan tuvieron que presentar al inicio de su participación un proyecto plurianual de calidad que tuviera por objetivo asegurar la calidad de la enseñanza, la investigación y la gestión de los servicios universitarios. Este proyecto tuvo carácter global, cíclico y permanente e incluyó el seguimiento y la revisión de los resultados. Era un proyecto plurianual, que debía considerar la evaluación a lo largo de todo el período de vigencia del II PCU y estuvo fundamentado en la preocupación de la mejora de la calidad que las instituciones tanto políticas como educativas tenían como consecuencia de los cambios sociales, culturales, económicos y tecnológicos.

La UDC para participar en este nuevo plan presentó un proyecto plurianual, que fue aprobado por la Junta de Gobierno de la Universidad (actualmente Consejo de Gobierno).
 

Superadas las dificultades propias de la falta de experiencia en los procesos evaluativos del primer Plan de Evaluación (PNECU), podemos decir que en esta anualidad se alcanzó un resultado positivo para los procesos de autoevaluación y evaluación externa.