A Lei orgánica 6/2001, do 21 de decembro, de universidades (LOU), (BOE 7/6/02) (DOG 2/5/02), veu a transformar o marco de organización xeral e as estruturas existentes en materia de medición e avaliación da calidade do sistema universitario. O artigo 31 da lei atribúe as funcións de avaliación e as conducentes á certificación e á acreditación do ensino universitario á Axencia Nacional de Avaliación da Calidade e Acreditación (no sucesivo ANECA) e ós órganos de avaliación que as leis das Comunidades Autónomas determinen, no ámbito das súas respectivas competencias, sen prexuízo das que desenvolvan outras axencias de avaliación do Estado ou das Comunidades Autónomas.
O II PCU perseguiu uns obxectivos sobre a calidade do ensino, a investigación e a xestión dos servizos universitarios que enmarcanse plenamente, tras a aprobación da LOU, dentro das funcións xerais atribuídas á ANECA.
Esta nova orde de organización e coordinación de funcións en materia de calidade do sistema universitario require, en aras da transparencia e a seguranza xurídica, a derrogación do RD 408/2001, do 20 de abril, polo que establécese o II PCU, mediante o RD 1391/2003 do 17 de novembro, para que os obxectivos deste sexan impulsados desde a ANECA.
A Lei do Parlamento de Galicia 3/2002, do 29 de abril na súa disposición adicional vixesimosétima, establece que a Axencia para a Calidade do Sistema Universitario de Galicia (no sucesivo ACSUG) asumirá no ámbito da Comunidade Autónoma as funcións de avaliación, certificación e acreditación que se prevén na LOU.
A ACSUG por convenio coa ANECA asume a metodoloxía do plano institucional da ANECA para a avaliación das titulacións do sistema universitario de Galicia.
O Programa de Avaliación Institucional (no sucesivo PEI) avalía o ensino universitario que conduce á obtención de títulos de carácter oficial e con validez en todo o territorio nacional.
Entre os obxectivos do PEI estaban: