Open Methodology

Open Notebook Science

Definicións:

Open Methodology:
  • "We introduce the concept of open methodology: it stands for sharing the methodological details of the study provided, and the tools used for data collection and analysis" (Kraker et al. 2011)
  • Open Source Methodology (en Enxeñería de Software): marco de traballo (framework) de código aberto usado para estruturar, planear e controlar o proceso de desenvolvemento en sistemas de información. O framework consiste en: unha filosofía de desenvolvemento de programas de computacion có enfoque do proceso de desenvolvemento de software; e ferramentas, modelos e métodos para asistir ao proceso de desenvolvemento de software. (Wikipedia)

Open Notebook Science:
  • "práctica de facer que o rexistro primario completo dun proxecto de investigación estea dispoñible públicamente, en liña e tal como está rexistrado. Isto consiste en colocar o notebook persoal, de laboratorio ou do investigador en liña xunto con todos los datos en bruto e procesados así como calquera material asociado, tal como se xenera este material" (Wikipedia)
  • "there is a URL to a laboratory notebook that is freely available and indexed on common search engines. It does not necessarily have to look like a paper notebook but it is essential that all of the information available to the researchers to make their conclusions is equally available to the rest of the world" (Jean-Claude Bradley)

 

Proxectos de Open Notebook Science

UsefulChem Project: proxecto Open Notebook Science en química liderado polo Bradley Laboratory da Universidade de Drexel e dirixido por Jean Claude Bradley, o impulsor da ONS.

Nickolas J. LaSorte's Open Science Notebook: Wireless Coexistence: páxina persoal dun bolseiro de investigación do Oak Ridge Institute for Science and Education (ORISE)  que contén o seu Open Notebook.

Open Notebook Science at ORU: wiki mantido por Andrew SID Lang, é un Open Notebook onde os investigadores da Universidade Oral Roberts e os seus colaboradores, e os estudantes, deixan os seus cadernos de laboratorio dispoñibles publicamente.

Tobias J. Osborne's research notes: weblog de ciencia aberta sobre sobre informática cuántica, física da materia condensada e física matemática.
 

Iniciativas e plataformas de Open Methodology

LabArchives: rexistro electrónico de laboratorio (Electronic Lab Notebook, ELN) baseado na web, con versións gratuíta e de pago, para usuarios individuais ou institucionais; permite ordear, almacenar, compartir e publicar os datos de laboratorio. Como parte da súa colaboración con BioMed Central, tamén estendida ás revistas de Chemistry Central, os autores teñen dereito a unha versión gratuíta mellorada de LabArchives.

MyExperiment é un entorno colaborativo no que os científicos poden publicar con seguridade os seus fluxos de traballo -workflows- e os seus expermientos realizados por computadora, compartilos con grupos e atopar os de outros.

MyGrid: consorcio que creou e mantén un conxunto de ferramentas deseñadas para “help e-Scientists get on with science and get on with scientists”. As ferramentas permiten a creación de e-laboratories e foron usadas en campos tan diversos como bioloxía de sistemas, ciencias sociais, música, astronomía, multimedia e química.

The Open Notebook Science Challenge: concurso (patrocinado por Nature, Submeta e Sigma-Aldrich) e proxecto de investigación para recoller medidas de solubilidade en disolventes non acuosos de compostos orgánicos e publicalos como open data; infórmase dos achados nun xeito open notebook science.

The Open Notebook Science Network é unha rede de blogs deseñada para ser usada para a creación e mantemento de e-notebooks personais o de laboratorio.

Open Science Framework: software open source para a realización de proxectos que facilita a colaboración aberta na investigación científica. Desenvolvido e mantido polo Center for Open Science (COS), foi empregado como marco para o traballo no proxecto sobre reproducibilidade da investigación en psicoloxía (Reproducibility Project: Psychology). OSF soporta moitas extensións de terceiros para almacenamento: Amazon S3, Box, Dataverse, Dropbox, Figshare, Github; tamén ten a súa propia extensión de almacenaxe. Soporta Mendeley e Zotero como xestores bibliográficos.

OpenWetWare: wiki coa misión de apoiar a "open research, education, publication, and discussion in biological sciences and engineering". Permite crear e-labs, compartir protocolos, etc.

Protocols.io: repositorio gratuíto e colaborativo de protocolos para as ciencias da vida.

Protocolpedia: plataforma para buscar, compartir e gardar protocolos.

Reproducibility Initiative (Validation by the Science Exchange network): colaboración entre Science Exchange, PLoS, Figshare e Mendeley para premiar aos investigadores por validar o seu traballo. Os experimentos enviados son asignados a laboratorios independentes e axeitados de Science Exchange, que reproducen o experimento. Trala comprobación, tódolos resultados experimentais entréganse ao autor junto co permiso para usar o distintivo "Independently Validated" da Reproducibility Initiative. Os resultados poden ser publicados como un estudo de validación na colección PLoS reproducibility collection, os datos almacenados na reproducibility collection de figshare, e o impacto seguido en Mendeley.

Taverna: ferramenta informática de código aberto para o deseño e a execución de fluxos de traballo que permite aos usuarios integrar moitos componentes de software, incluídos WSDL SOAP ou REST Web services, como os ofrecidos polo National Center for Biotechnology Information (NCBI), o European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), o DNA Databank of Japan (DDBJ), SoapLab, BioMOBY e EMBOSS. Taverna é empregada por usuarios de múltiples campos, como bioinformatica, informática química, medicina, astronomía, ciencias sociais, música e preservación dixital.

Open Methodology en informática

GenABEL project: open source methodology

Method for an Integrated Knowledge Environment (MIKE2.0): metodoloxía open source para a xestión da información na empresa que prové un marco conceptual para o ciclo da información. A metodoloxía MIKE2.0 é parte do Open Methodology Framework.

Open Source Security Testing Methodology Manual (OSSTMM) de ISECOM (Institute for Security and Open Methodologies)

Unified Process: é a metodoloxía estándar máis utilizada para a análise, deseño, implementación e documentación de sistemas orientados a obxectos.