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Las actividades más importantes de la AUIP están estructuradas en los siguientes programas:
- Programa 1: Calidad de la Formación Avanzada.
Su propósito es contribuir a elevar la calidad académica de la oferta de Postgrado y Doctorado en todas las instituciones asociadas al sistema, fomentando las autoevaluaciones y facilitando la relización de evaluaciones externas periódicas. Asimismo se trata de contribuir al reconocimiento y acreditación internacional de la oferta Iberoamericana de posgrados y doctorados.
- Programa 2: Fomento de los Estudios de Postgrado y Doctorado.
Apunta al desarrollo de los mencionados programas incidiendo en la mejora y capacitación del profesorado, proporcionando asistencia técnica a los Directores y Gestores a través de la organización de Seminarios y Reuniones Técnicas.
- Programa 3: Información y Documentación.
Este programa pretende mantener actualizada la base de información del sistema, crear nuevas bases de datos especializadas, impulsar la comunicación informática y apoyar el desarrollo académico de los Postgrados a través de publicaciones diversas generadas por iniciativa de la Red o concertadas con sus Instituciones Asociadas.
- Programa 4: Formación Avanzada a Distancia.
Se pretende canalizar las iniciativas institucionales de formación avanzada en las que se utilizan tecnologías de efecto multiplicador, particularmente aquellas que contribuyen a la formación de recursos humanos para el desarrollo de los pueblos Iberoamericanos.
- Programa 5: Gestión y Desarrollo Institucional.
Contribuir al desarrollo y a la proyección institucional del Sistema AUIP mediante iniciativas que permitan: facilitar la gestión ejecutiva, consolidar el sistema, promover la imagen de la AUIP y difundir sus acciones programáticas.
- Programa 6: Doctorados Cooperativos.
Brindar apoyo institucional efectivo a iniciativas de creación, puesta en marcha y fortalecimiento de Programas de Doctorado en los que se requiere la colaboración y el apoyo académico de otras universidades adscritas al Sistema AUIP.